Patch 介绍
Patch 的翻译是补丁,笔者琢磨了好久,才明白“补丁”的意思,它其实是“块”的意思,简单的说就是整张图片上的一小块,就像一千张的拼图,其中Patch就是拼图块。
Patch 获取
Patch Extraction 获取补丁,看似是个简单的问题,确实也简单,难在 WSI 真的是太大了,使用level 0,在读取时,电脑就会遇到 MemoryError 的问题。所以获取多大等级下level的补丁,就看自己项目的需求了。除了等级,还有 Patch 的大小。网络里需要用的时256 还是500。
获取方法一
主要还是从网上找了两种方法,一种是在下面这个Github里采用的。具体的可以看下面链接里提供的代码,但是,其中的txt文件,提供的是生成好的,个人觉得不太合适,因为不知道能不能适用于其他的数据集。
https://github.com/baidu-research/NCRF
这里再提供一个其他人复现的时候,遇到的问题,供大家参考。因为版本原因,在跑的时候会有问题。
https://www.codenong.com/cs106597256/
获取方法二
这篇Github 提供的方法,和方法一是一样的,代码作者在issues里也大方回应了参考了第一篇的代码。但是这里提供的就更加全面了。
https://github.com/WilmerWang/SLFCD
不过在复现的时候还是会遇到问题,这里挖个坑,之后再去写这些问题。
不过也欢迎探讨chenmz0298@163.com
获取方法三
https://github.com/tcxxxx/WSI-analysis/tree/master/patch_extraction
这是目前为止看到的最合适的,最简单的,最容易理解的获取patch的代码了,而且在 8g 内存,核显的笔记本上,也能提取Level1下的256的Patch。Level0 就得去蹭朋友的工作站了。生成的目录是 矩阵坐标形式,但是这里 0 代表纵坐标,1 是横坐标。
未完,待续